Hai nước có mối quan hệ khoa học sâu rộng, với sự hợp tác về khoa học giữa các trường đại học Israel và Đức và sự phát triển của Hiệp hội Minerva. Trong chuyến thăm Tổng thống Katsav, Chủ tịch Bundestag Wolfgang Thierse đã thúc đẩy việc thành lập Văn phòng Thanh niên Đức – Israel theo mô hình của các văn phòng thanh niên chung của Đức với Pháp và Ba Lan - như một công cụ để giáo dục giới trẻ Đức và Israel về lịch sử tương ứng của họ và sự nhạy cảm của họ mối quan hệ.[2] Quỹ Nghiên cứu và Phát triển Khoa học Đức (Israel) được thành lập vào năm 1986.[16]